Die mikrobiologische Forschung konzentriert sich auf die Physiologie und Biochemie von Lignin und Humus abbauenden Großpilzen und auf biotechnologische und ökologische Aspekte, die sich aus diesen Aktivitäten ergeben. Die Forschungsarbeiten erfolgen in enger Kooperation mit der Universität Helsinki (Finnland) sowie mittelständischen Biotechnologie-Unternehmen. Hauptsächliches Augenmerk liegt auf den oxidativen Biokatalysatoren (Enzymen) der Großpilze. In diesem Zusammenhang wird zur Zeit intensiv ein neuartiges Enzym - die Agrocybe-aegerita-Peroxidase (AaP) - genauer untersucht. Das Enzym ist die erste bekannt gewordene Haloperoxidase eines Basidiomyceten (Ständerpilz) und katalysiert eine Vielzahl, z. T. außergewöhnlicher Oxidationsreaktionen (u. a. Bromierungen, Hydroxylierungen, Oxidation von aromatischen Methingruppen).

Seit kurzem sind, neben den ligninolytischen Basidiomyceten, auch ausgewählte Vertreter der Holz und Bodenstreu besiedelnden Ascomyceten (Schlauchpilze) Gegenstand wissenschaftlicher Untersuchungen. Hervorzuheben sind die Vertreter der Gattungen Hypoxylon und Xylaria (Holzkeulen) sowie Morchella und Gyromitra (Morcheln, Lorcheln). Diese Pilze scheinen über ein alternatives enzymatisches System zur Ligninmodifizierung zu verfügen.